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RNA干扰主体实验

来源:wang 发布时间:2014/7/9 11:28:41

RNA干扰主体实验

服务简介:

shRNA表达载体构建好后,即可进行RNA干扰主体实验。

RNA干扰主体实验的重点在于:

  1. 成功将shRNA表达载体导入目的细胞。

    如果目的细胞的质粒转染效率较低(低于70%) ,则应采用腺病毒或慢病毒载体,利用病毒载体的高感染率、高表达特性,以更好地开展RNA干扰主体实验。

  2. 设置好分组和对照。

    详情见【TIPS : RNA干扰实验中的对照】。

  3. RNA干扰效率的检测(体外)。

    一般应该从mRNA水平、蛋白质水平、细胞表型水平三个层次来检测干扰效率。

    • mRNA 水平:RT-PCR、Real-Time PCR;
    • 蛋白质水平Westem-Blot、ELISA 、免疫组化;
    • 细胞表型水平MTT、克隆形成实验、流式细胞检测、细胞小室实验等。
  4. RNA干扰效率在动物模型上的进一步验证(体内)。

    动物模型实验同以采取"体内法"和"体外法"。

    体内法,即先做裸鼠成瘤模型,再将质粒或病毒导入裸鼠,检测RNA干扰效果。此法操作复杂,对质粒和病毒产品的质和量要求都较高,但是比较贴近实际,说服力较显著。

    体外法,即先将质粒或病毒导入肿瘤细胞,再将肿瘤细胞导入动物体内,然后检测阳RNA干扰效果。此法操作较简单,对质粒和病毒产品的质量要求较低。

TIPS:RNA干扰实验中的对照

按照nature的标准,一个严格的RNAi介导knockdown实验要有6个对照:

  1. 转染试剂对照(监控转染及培养条件对结果的影响);
  2. nonsense siRNA对照(监控外源核酸本身对结果的影响);
  3. positive siRNA对照(监控假阴性);
  4. 技术重复对照(也叫off-target 对照,也就是利用至少2个靶点的siRNA同时实验,2个siRNA互为off-target control,当两者的表型相同时,才有可能是特异性的knockdown效应);
  5. rescue对照(knockdown之后做超表达,看是否有性状的逆转,这也是为了说明knockdown的特异性);
  6. 全表达组扫描对照(即转录/表达芯片扫描,以最终确定表型不是由于off-target造成)。

实际实验中,全表达组扫描对照很少有文献涉及。其它几个对照中,①、②两种对照即所谓的空白细胞对照、NC对照,基本是所有杂志都要求具 备的。④、⑤两种对照, 主要是为了解决off-target效应,选做一种即可, 一般建议选⑤,涉及的实验即所谓的“RNA干扰回复实验”,本公司针对这一实验,有专门的“RNA干扰回复实验套餐”,详情请参见相关内容。

服务价格与周期:

一、RNA干扰主体实验(细胞水平)

服务项目

 

服务周期

预实验

确定目的细胞质粒转染效率

 

l 周

确定目的细胞腺病毒感染效率

 

l周

材料准备:质粒形式

shRNA 表达载体构建

 

2-3周

NC 对照

 

现货

转染级质粒大提(100ug)

 

1周

材料准备:腺病毒形式

腺病毒包装

 

4-5周

rAd-NC 腺病毒对照

 

1-2周

RNA 干扰实验

细胞培养

 

1周

细胞转染

 

1周

腺病毒感染

 

1周

RT-PCR 检测

 

1周

Western-blot

 

1-2周

MTT

 

1周

流式细胞检测

 

1周

克隆形成实验

 

1-2周

细胞小室实验

 

1-2周

其它实验

 

咨询

(注:部分内容可选做。)

二、RNA干扰主体实验(动物水平,体外法)

服务项目

 

服务周期

RNA干扰主体实验( 动物水平, 体外法)

成瘤实验

 

3-4 周

免疫组化

 

咨询

其它实验

 

咨询

( 注:裸鼠分组一般包括空白组、NC 组、RNA 干扰组,每组做3-7只裸鼠)

客户须知:

  1. 进行RNA干扰主体实验前,最好先通过预实验确定目的细胞的质粒转染效率。如目的细胞的质粒转染效率大于70%,则可采用质粒形式载体: 如目的细胞的质粒转染效率低于70%,则建议采用腺病毒。如目的细胞的质粒转染效率低于70% ,而客户坚持使用质粒形式的载体进行RNA干扰主体实验,则本公司不保证shRNA的干扰效果;
  2. 如shRNA序列由客户提供,或sh刚A序列由本公司提供,但未在本公司进行有效shRNA筛靶实验,本公司不保证所采用的shRNA一定有效;
  3. Western-Blot实验中,如一抗采用国产抗体,本公司不保证一定会获得正确结果;
  4. 本公司保证所提供的实验数据真实、准确,但不保证实验结果一定符合客户预期。
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